Eberhard Junkersdorf gründete 1973 zusammen mit Volker Schlöndorff und Reinhard Hauff die Bioskop-Film GmbH, die seither zahlreiche Spielfilme, wie um Beispiel „Die verlorene Ehre der Katharina Blum“, „Die Blechtrommel“ sowie „alaska.de“, produzierte. 1995 gründete er das Zeichentrickstudio Munich Animation. Die erste Produktion des Studios war der Animationsfilm "Die Furchtlosen Vier", bei dem Eberhard Junkersdorf erstmals auch Regie führte. Danach folgten die Zeichentrickfilme „Tobias Totz und sein Löwe“ und „Hilfe! Ich bin ein Fisch“, der eine Nominierung für den Deutschen Filmpreis 2002 erhielt. Die jüngste Produktion des Munich Animation Studios ist „Till Eulenspiegel“, bei der Junkersdorf abermals Regie führte. "Till Eulenspiegel" war in der Vorauswahl der amerikanischen Film Academy für den Animations-Oscar. Zudem ist Eberhard Junkersdorf u. a. Vorstandsvorsitzender der Arbeitsgemeinschaft Neuer Deutscher Spielfilmproduzenten, sowie Vorsitzender des Verwaltungsrates und des Präsidiums der Filmförderungsanstalt Berlin.
